Star D’Aplièse stendur á tímamótum eftir skyndilegt andlát ástkærs föður – Pa Salt er harmdauði sex dætra sem hann ættleiddi frá fjórum heimshornum. Hann skilur eftir vísbendingu fyrir hverja þeirra um upprunann, en Star – sú dularfyllsta systranna – er hikandi við að stíga út úr örygginu sem hún upplifir í nánu sambandi við systur sína, CeCe.

Fyrsta vísbendingin leiðir hana þó til fornbókabúðar í London.

Hundrað árum áður hélt hin sjálfstæða Flora MacNichol að hún myndi aldrei giftast. Hún er hamingjusöm og örugg á heimili sínu í Vatnahéruðunum, býr nálægt átrúnaðargoðinu sínu, Beatrix Potter, þegar örlögin haga því þannig að hún flyst á heimili hinnar sérstöku Alice Keppel í London. Skyldurækni og heitar ástríður takast á.

Eftir því sem Star kemst að fleiru um lífshlaup Floru öðlast hún kjark til að stíga út úr skugga systur sinnar og kjósa sína eigin framtíð.

Systirin í skugganum er þriðja bókin í þessum vinsæla bókaflokki sem hófst með bókunum Sjö systurog Systirin í storminum.